Το Εσωτερικό Αρχιπέλαγος του Ιονίου αποτελεί περιοχή σημαντικής οικολογικής αξίας λόγω της παρουσίας μεγάλου αριθμού ειδών θαλάσσιας μεγαπανίδας (δελφίνια, θαλάσσιες χελώνες, μεσογειακές φώκιες κ.ά.), αλλά και της παρουσίας εκτεταμένων  λιβαδιών Ποσειδωνίας.

Η διακριτή μορφολογία των θαλάσσιων και παράκτιων τμημάτων της περιοχής, που χαρακτηρίζεται από την παρουσία πολλών βυθισμένων θαλάσσιων σπηλαίων, παρέχει σημαντικό βιότοπο για την αναπαραγωγή της μεσογειακής φώκιας, ενός ιδιαίτερα  απειλούμενου θαλάσσιου θηλαστικού στη Μεσόγειο σύμφωνα με την IUCN.

Είδη για τα οποία οριοθετήθηκε η περιοχή:

Καρχαρίες:

• Αγγελοκαρχαρίας Squatina squatina
• Ακανθορίνα Squatina aculeata